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Il principale software impiegato è
R,
il software matematico gratuito più diffuso, che opera in tutti i sistemi operativi.
In MaCoSa esistono altri programmi (o riferimenti ad programmi gratuiti) che operano in
tutti i sistemi operativi.
Esistono poi alcuni programmi vecchi che "girano" solo nel sistema operativo Windows;
volendo usarli conviene ricorrere all'emulatore Windows (installabile sui Mac).
In ambiente Macintosh alcuni programmi "exe" non
girano; conviene usare l'emulatore Windows (installabile sui Mac) e aprire da qui l'intero ambiente OM; in origine,
fino circa al 2000, Macintosh offriva alcuni strumenti per le attività matematiche
non presenti in ambiente Windows, ma ormai il rapporto si è invertito: molto software esiste
solo per ambiente Windows e quanto esiste in ambiente Mac è quasi sempre usabile in ambiente Windows. Per quanto riguarda Linux,
dato che gran parte del software didattico e di tipo matematico non opera in tale ambiente
(esitono alcuni programmi didattici di scarsa diffusione), non ci si è posti
il problema di elaborare software per tale sistema operativo, che per altro, in genere, viene
usato su personal computer dotati della possibilità di operare anche in ambiente Windows e Mac.