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Il principale software impiegato è R, il software matematico gratuito più diffuso, che opera in tutti i sistemi operativi.
In MaCoSa esistono altri programmi (o riferimenti ad programmi gratuiti) che operano in tutti i sistemi operativi.
Esistono poi alcuni programmi vecchi che "girano" solo nel sistema operativo Windows; volendo usarli conviene ricorrere all'emulatore Windows (installabile sui Mac).
In ambiente Macintosh alcuni programmi "exe" non girano; conviene usare l'emulatore Windows (installabile sui Mac) e aprire da qui l'intero ambiente OM; in origine, fino circa al 2000, Macintosh offriva alcuni strumenti per le attività matematiche non presenti in ambiente Windows, ma ormai il rapporto si è invertito: molto software esiste solo per ambiente Windows e quanto esiste in ambiente Mac è quasi sempre usabile in ambiente Windows.  Per quanto riguarda Linux, dato che gran parte del software didattico e di tipo matematico non opera in tale ambiente (esitono alcuni programmi didattici di scarsa diffusione), non ci si è posti il problema di elaborare software per tale sistema operativo, che per altro, in genere, viene usato su personal computer dotati della possibilità di operare anche in ambiente Windows e Mac.